le system call hanno tutta una serie di vantaggi non indifferenti, soprattutto la velocità e la portabilità (sui sistemi derivati da unix come linux o solaris).
Per quanto riguarda la velocità, invito a provare a leggere un file di testo con fread e prima e con read poi, e a osservare la differenza di tempo impiegato, comunque sia ok, non sono indispensabili per un programma semplice, ma è una buona abitudine fare a meno di stdio.