Fai la procedura come hai indicato prima...

A quel punto otterai un

If Rs.EoF Then
' in questo caso il file non c'è nel db
End If

e il problema non si pone...

A questo punto apri la connessione e fai la query sul secondo db con la stessa procedura:

If Rs.EoF Then
' in questo caso il file non c'è nel db
End If

Facendo in questo modo non hai neppure il problema di confrontarli...

Spiega bene cosa ti serve, il nome del db, la connessione che usi così ti posso postare il codice da usare!

Ciaooooooo