Penso che la soluzione migliore e più indolore sarebbe avere un bel backup del db e ricostruirlo

mysql ha il comando myisamchk che va' usato con una certa attenzione se il db sta lavorando e non hai fermato il daemon mysqld
magari date un'occhiata qui
http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crash-recovery.html

ciao