Soluzione 1 Qdo incontri il record che non può essere cancellato fai comparire un messaggio da js (controlla la correttezza della sintassi della funzione)

function check_confirm(my_form){
flag=confirm("...continuare la cancellazione?");
if (flag==false)
location.href="myfile.php?continua_canc=no";
else
location.href="myfile.php?continua_canc=yes";

}

If ($il_rec_va_cancellato==false) echo "check_confirm(my_form)"

All'inizio del file .php controlli che sia stata chiesto di continuare la concellazione in base al valore della variabile passata dalla funzione js:

if (continua_canc=="yes"){
...codice che continua la cancellazione ...
}

Soluzione 2 + semplice (migliore) tramite php:
Qdo incontri il record che non può essere cancellato visualizzi il messaggio e fai scegliere l'operazione tramite un form o qllo ke vuoi te:
If ($il_rec_va_cancellato==false) {
echo "...continuare la cancellazione?";
?><form action="myfile" method="">
<input type="hidden" name="continua_canc" value="yes">
<input type="submit" value="Si">
</form>
<form action="myfile" method="">
<input type="hidden" name="continua_canc" value="no">
<input type="submit" value="No">
</form><?
}