Potresti risolvere impostando un flag subito prima del ciclo while e verificarlo di volta in volta per poter decidere quale valore attribuirgli dinamicamente...
Codice PHP:
[FONT=courier new]<?php

$i = 1;
while($row = mysql_fetch_array($result)) {
$color = ($i % 2 == 0) ? ('#FF0000') : ('#FFFF00');
$i++;
// in $color avrai il rosso, se il numero è dispari
// oppure giallo se è pari

?>[/FONT]