se cambia id che sono foreign key, sicuramente cambierà gli id anche nelle tabelle esterne relative... e mica so' scemi quelli che hanno scritto mysql :P

Forse però riguarda più l'organizzazione fisica dei files che compongono il dtaabse..

ma non so dirti niente di preciso, a parte che di sicuro non puoi aver nessun problema ottimizzando ^_^