bisogna vedere come hai compilato il kernel

metti lilo al posto di grub che da meno problemi ed è piu semplice

lo installi poi metti in lilo.conf

image = /boot/vmlinuz-2.6.11-gentoo-r6
root = /dev/hdaxx

label = Gentoo
read-only # read-only for checking

dai un mount /boot e un lilo -v
in alto nella conf di lilo metti
boot = /dev/hda se lo metti nell'mbr