Ciao,
non ho capito quale sia il controllo che devi fare, comunque SQLite supporta
INSERT....SELECT
http://www.sqlite.org/lang_insert.html

ma pare non supporti UPDATE...SELECT o UPDATE....FROM
http://www.sqlite.org/lang_update.html


Quindi non puoi fare un update sulla base di una select (non in un'unica query voglio dire).

Però volendo potresti usare un replace (cioè elimini e ricrei l'intera riga)

http://www.sqlite.org/lang_replace.html