1) il disco SATA lo puoi attaccare dove ti pare, è indifferente un connettore o l'altro

2) questa operazione non dovevi farla: molto probabilmente hai cercato di creare un array RAID (una particolare configurazione dei dischi che richiede 2 o più dischi per funzionare). Anche il partizionamento con fdisk non è necessario se poi ci installi WinXP: si occupa lui di creare le partizioni. L'unica cosa che potresti dover fare è creare un dischetto con i driver del controller SATA (questo dipende dalla scheda madre)

3) la formattazione a questo punto te la fa l'installazione di WinXP, subito dopo il partizionamento