Da quel che ho sentito Google sta facendo in modo di riconoscere le variabili di sessione e di memorizzare ugualmente le pagine togliendole da solo.
Io comunque non rischierei e toglierei l'ID di sessione almeno sulle pagine che si vogliono indicizzare, oppure metti l'ID di sessione solo una volta che l'utente è stato riconosciuto (es.: utente registrato -> pagina con ID di sessione; utente anonimo -> pagine senza ID di sessione).