se ho capito bene tu lanci delle popup nelle popup hai poi i tuoi swf

se scrivi il flash

codice:
<object type="application/x-shockwave-flash" data="file.swf" width="100%" height="100%">
<param name="movie" value="file.swf">
</object>
al clik dai solo le dimensioni che ti servono alle popup e i filmati si adattano al 100% alla finestra