Un CGI non puo` autoeseguirsi. Deve esempre essere triggerato da una pagina Web su un client.

Quello che e` possibile fare e` un applicativo (compilato o script) che ad un certo momento faccia delle operazioni.
Tale programma puo` essere fatto partire da un temporizzatore sul sistema operativo.
Se usi linux, puo` essere un cron, crontab o at (vedi il man per questi programmi).
Se usi Windows non saprei, ma c'e` sicuro qualcosa di analogo.