Ciao.

Personalmente utilizzo l'sql in fase di creazione delle tabelle, in alternativa puoi utilizzare una versione di phpmyadmin superiore o uguale alla 2.6.1

Per utilizzare le relazioni devi generare delle tabelle che supportino tale opzione (ad esempio le innodb; le MyISAM che sono le tabelle di default non le supportano). Se utilizzi phpmyadmin superiore alla versione 2.6.1 creando una tabella Innodb apparira' una voce "vedi relazioni" da dove puoi smanettare con le relazioni della tua tabella