Se le finestre non hanno un rapporto di "parentela" non puoi manipolare gli oggetti che contengono.

Per poter rimediare occorre che le finestre abbiano la proprieta' name valorizzata... quindi la finestra A dovra' assegnarsi un nome:

<script>window.name="mamma";</script>

Ora dalla finestra B devi creare un riferimento alla finestra A:

var finestra_A = window.open("","mamma");

nota che questa istruzione non modifichera' il contenuto della finestra.

Ora puoi raggiungere gli oggetti:
finestra_A.document.nomeForm.nomeCampo.value='valo re';

ciao

Non trovo molta attinenza con il titolo della discussione... cosa non ho capito?