ho provato, non posso cancellare un campo che verrà creato nella stessa query...

così funziona:

alter table tabella,
change `id` `id_temp` int (11) NOT NULL,
drop primary key

alter table tabella,
add column `id` int NOT NULL AUTO_INCREMENT first,
add primary key (`id` ),
drop column `id_temp`,
type=MyISAM auto_increment=1 row_format=dynamic