io utilizzerei lo stesso sito, tenendo il migliore e facendo una /directory per l'altra lingua, tenendo presente qual è il target dei clienti (se è italiano o straniero ad esempio), e l'altro (penso il .com nel tuo caso) lo userei come redirect lato server o come semplice pagina di presentazione che fa da mappa del sito per il .it
In questo modo avresti tutti i backlink che si concentrano si di un unico sito, e ne beneficerebbero entrambe le lingue. Se non hai già dei buoni risultati stabili o tanti backlink ti consiglio di usare il .com come riferimento principale e il .it come presentazione italiana