Se i tuoi siti sono cartelle all'interno di un unico sito web definito in iis, naturalemnte di basta fso e puoi cancellare tutto.

se invece non è così allora devi accedere alle funzioni di iis (naturalemente avere permessi di amministratore).

Questo è un'esempio di uso iis da asp ( che modifica una dir virtuale)

http://www.aspemporium.com/codelib.aspx?pid=106&cid=16