allora, per formattare il secondo hd la procedura è la solita di windows (tasto dx - formatta)

se da esplora risorse non si vede il secondo hd allora la procedura è diversa, bisogna andare su risorse del computer, tasto dx, gestisci, archiviazione, gestione disco. Da lì dovresti vedere gli hd installati, selezioni il secondo e da li lanci la formattazione.

per togliere lilo dall'mbr ci sono due strade, ti consiglio comunque di fare una ricerca sul forum, è un argomento che è stato dibattuto più volte