Escluderei sicuramente il service pack. Ci mancherebbe solo piu' questa...

Proverei a controllare la dimensione di questi file. Phpmyadmin ha dei limiti di dimensione per l'import. Ma vorrei anche suggerire di provare ad usare mysql administrator per i backup e i restore. In pochi secondi (veramente pochi) salva e ricarica degli interi db che prima andavano in time out con phpmyadmin.

Il segreto e' nel come compatta le stringhe da inserire, perche' il restore di questo file, prodotto da mysql administrator, fatto con phpmyadmin risulta lo stesso notevolmente accelerato.