L'applicazione java come viene lanciata ?
Da riga di comando o da un'IDE tipo Eclipse, NetBeans, Forte ecc.. ?

La pagina jsp accede a risorse che sono messe a disposizione dall'AS
(Application Server, tipo TomCat) mentre all'applicazione java devi
fornirgliele tu.

Da riga di comando dovresti avere, per l'esecuzione, qualcosa tipo :

[CODE]
java -cp ../JQuery/db2jcc.jar; -cp ../JQuery/db2jcc_license_cu.jar; JQueryAnalyser
[CODE]

dove dichiari esplicitamente i driver, in questo caso DB2, che sono
utilizzati dall'applicazione.

Ciao,