certo che puoi, basta che specifichi le coordinate top=200 left=100!
adesso non ho sottomano uno script ma ne trovi quanti ne vuoi

edit: ecco un esempio
<script language="Javascript">
window.open('http://www.html.it','miaFinestra','width=300,height=300,l eft=200,top=250,toolbar=yes,location=no,status=yes ,menubar=yes,scrollbars=no,resizable=no');
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