Attenzione che ci sono errori di concetto nella tua esposizione. La riscrivo corretta. Questo dovrebbe aiutarti a capire il problema.

Ho una pagina html (A) che si apre nel browser. La pagina e` un frameset contenente tre frames F1, F2, F3. Nei vari frame si aprono le rispettive pagine (A1-A2-A3).
Selezionando un link (durante la navigazione) faccio in modo di sostituire la pagina A2 con una nuova pagina (chiamamiamola B2).
Quindi la nuova configurazione della pagina A sarebbe sempre a tre frame F1, F2, F3 contenti rispettivamente A1-B2-A3.
Non appena seleziono il pulsante refresh del browser, vadoa ricaricare la pagina A nel browser, che a sua volta ricarica nei tre frame le pagine A1-A2-A3.

Per la soluzione si possono usare i cookies, come proposto da p75, oppure puoi passare un parametro al frameset che cambia il caricamento delle pagine nei singoli frame.

Se fai una ricerca nel forum, dovresti trovare script per questo.

NB. E` noto che i frame non sono piu` supportati dalle specifiche XHTML, e quindi sono contrari alla legge 4/2004 per i siti nuovi delle pubbliche amministrazioni.