Ho trovato questa cosa sulle tabelle InnoDB:

InnoDB implementa in MySQL l'utilizzo di tabelle di tipo evoluto: supportano commit e rollback, sono in grado di conservare i dati dopo un eventuale crash, consentono l'uso efficiente e sicuro delle transazioni, supportano il lock delle colonne e consentono la lettura nei SELECT in stile Oracle. Queste caratteristiche migliorano la produttività e l'efficienza nell'uso simultaneo dei data base da parte di più utenti. Poiché il lock a livello di colonne nelle tavole InnoDB occupa pochissimo spazio, non si verificano aumenti grandi di richiesta di risorse. Le tabelle in stile InnoDB supportano, inoltre, le restrizioni FOREIGN KEY, come il tipo principale di tabelle di MySQL..
Se ho una struttura di base di dati già esistente dove tutte le tabelle presenti sono di tipo ISAM e mi viene chiesto di inserirne nuove per le esigenze del modulo che sto progettando ...

Le mie nuove tabelle possono essere InnoDB?
Questo avrebbe senso visto che le chiavi esterne farebbero riferimento ad una tabella di tipo ISAM ?