le classi non corrispondono ai file, quindi al limite avrai una classe Contatto i cui oggetti sono contenuti nell'oggetto di tipo Rubrica.
Se poi queste definizioni le metti nel file contatto.php, rubrica.php o pippopippo.php non cambia niente, è una scelta tua.

Il discorso RAM - DB non l'ho capito sinceramente.
Uno script quando viene invocato usa delle variabili (in RAM) che verranno distrutte appena termina lo script stesso.

Se hai bisogno di persistenza dei dati devi per forza utilizzare un database o dei file, ma questo a prescindere dal linguaggio.

Quindi avrai i tuoi dati in un database e nello script avrai una certa query per estrarli (in RAM quindi) farci delle cose e poi se necessario risalvarli modificati sul DB.