Se vuoi formattare win2000 per rimetterlo dentro, basta inserire il CD di win2000 nel lettore CD, e procedere all'installazione.
Al momento dell'installazione, devi selezionare l'unita e dire di formattare il contenuto.

Se invece vuoi formattarlo per rimettere il 98 o versioni successive, devi inserire il CD di win98 nel lettore CD, andare in modalità ms-dos con supporto CD-ROM, andare nella cartella win e scrivere fdisk.
togli tutte le partizioni, e ricreale in fat32, poi riavvia il pc con il CD di win98 e procedi all'installazione.

ciao