in parte dipende dall'encoding della tua piattaforma.. winzozz ha di default iso8859-1 (latin1) per le installazioni in italiano, e molte distro linux invece di default usano utf8.

questo vale sia per i files di testo che ovviamente per i nomi di file.

quando comunque crei le immagini con misofs puoi settare l'input charset.. dai un' occhiatina qui
http://linux.about.com/library/cmd/blcmdl8_mkisofs.htm