La risposta si trova nel tag body. Infatti ogni pagina a un id diverso sul tag body (o almeno ogni sezione) tale da permettere la personalizzazione dei menu senza toccare l'xhtml.

Esempio:
codice:
<body id="section-one">
  <ul id="menu">
    <li id="one"><a hfre="#">One</a>
    <li id="two"><a hfre="#">Two</a>[/list]
</body>


<body id="section-two">
  <ul id="menu">
    <li id="one"><a hfre="#">One</a>
    <li id="two"><a hfre="#">Two</a>[/list]
</body>

/* CSS */

body#section-one ul#menu li#one {
  background-color: red;
}
body#section-one ul#menu li#two {
  background-color: white;
}


body#section-two ul#menu li#one {
  background-color: white;
}
body#section-two ul#menu li#two {
  background-color: two;
}