ho lavorato a due progetti che offrivano mail criptate e firmate come vuole lo standard CNIPA per gli iscritti al servizio.
in pratica la mail è "certificata" da una CA (Autorità che Certifica): questo significa che sul messaggio viene calcolato un fingerprint in base al suo stesso contenuto e alla chiave privata dell'autorità.
all'atto della "lettura" del messaggio, viene spacchettato utilizzando la chiave pubblica della CA (a disposizione di tutti).
questo ne previene: il cambiamento del contenuto.
In pratica è lo stesso meccanismo della firma digitale.
Per quanto riguarda invece la sicurezza delle comunicazioni (evitare che chi intercetta possa leggere) la posta oltre che certificata dovrebbe anche essere criptata, e per questo c'è ampia scelta degli algoritmi da utilizzare: ma comunque basti pensare che lato java si può utilizzare il framework bouncycastle per avere una scelta pressochè totale.
@mischievano non credo che sia il sistema in questione

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