le funzioni le devi passare come funzioni, non come stringhe.

mysql_query("insert into archivio (data, quotidiano, titolo, pdfPath, fileSize, category) values" .
" ('" . quote_smart('$data') . "', " .
"'" . quote_smart('$quotidiano') . "', " .
"'" . quote_smart('$titolo') . "', " .
"'" . quote_smart('$pathFileServer') . "', ".
"'" . quote_smart('$fileSize') . "', " .
"'" . quote_smart('$category') . "')", $conn)
or die ("Non è possibile eseguire la query sul database. Contattare l'amministratore del database".mysql_error());