in asp.net devi creare dei web user control,
che vengono salvati in file con estensione ascx, e
utilizzarli in maniera analoga a quanto facevi con gli include.
Ad esempio crea un header.ascx, un footer.ascx, e puoi dare alle tue pagine lo stesso aspetto includendoli per mezzo del tag register.

codice:
<%@ Register TagPrefix="uc1" TagName="Footer" Src="Footer.ascx" %>
<%@ Register TagPrefix="uc1" TagName="Header" Src="Header.ascx" %>
<%@ Page language="c#" Codebehind="miapagina.aspx.cs" AutoEventWireup="false" Inherits="miapagina" %>


<HTML>

	<body>
	<form id="Form1" method="post" runat="server">
	<uc1:Header id="Header1" runat="server"></uc1:Header>
	
        contenuto

	<uc1:Footer id="Footer1" runat="server"></uc1:Footer>
	</form>
	</body>
</HTML>