Personalmente ti consiglierei di lasciare la grafica più statica ma con più sicurezza per il login.
Poi nulla ti vieta ad esempio di fare il login senza flash e il resto con flash, però considera che flash di suo non ha molte possibilità di operazioni con file, database e altro, ma deve interfacciarsi a un linguaggio server-side, quindi ad esempio per un pannello di amministrazione rischi di dover fare praticamente il doppio del lavoro...comunque tecnicamente si può fare