cosa intendi per valore di default?
nella riga Tree[i] = comodo; i valori ci sono,
e ho provato a mettere anche delle system.out.println di tutto array Tree ed è valorizzato correttamente, ma nella riga dove chiamo il js per la creazione del menù non vede le variabili che in java ho creato,
quindi quando lancio:

<script type="text/javascript">
<!--
createTree(folder, Tree); <---- qui non vedo le variabili
//-->
</script>