Prova cosi (non testato)

codice:
function ctrl(anInput,i){
if(anInput.value==""){
 alert("Inserire una valore nel campo quantità del prodotto");
 return false;
 anInput.focus();
 }
 if (parseInt(anInput.value)<document.getElementById('h'+i).value) {
  alert("Inserire una valore uguale o superiore a");
   return false;
   anInput.focus();
 }
 return true;
}
....
<input name="h1" type="hidden" id="h1" value="20">
 <input name="qta" type="text" class="ctrlsqta" id="qta" title="Ricorda di aggiornare il carrello dopo aver modificato la quantità" value="2" size="2" 
	onChange="return ctrl(this,1)" >