Diciamo che le prime risposte facevano parte dei consigli che si danno in maniera standard, e che funzionano nel 90% dei casi, ma evidentemnente tu da un lato conosci il JS abbastanza bene e dall'altro hai un problema che esce dal 90%.

Allora ricominciamo dall'inizio.

Spiega bene il tuo ambiente. In particolare:
- quale DOCTYPE usi (nella pagina contenente lo script)
- dove sta lo script
- come lo chiami (e quando) (posta il tag che lo richiama)

Tieni presente che il tag <embed> e` deprecato, ma funziona in quasi tutti i browser; mentre il tag <object> e` corretto, ma non sempre e` ben supportato.