E` il solito problema che possiamo chiamare "sindrome da carta stampata".

Non si puo` sul Web avere pagine perfette come se fosse una tipografia. Occorre fare i conti con una quantita` di variabili, che messe tutte assieme fanno qualche migliaio di combinazioni possibili tra browser, schermo, sistema operativo, ...

Comunque e` noto il bug di IE sul padding e in generale sul box model.

Per centrare in orizzontale un oggetto con display: block nei browser standard si deve usare:
margin: 0 auto;
da inserire nel CSS del blocco da centrare

Per il browser IE si deve invece usare:
text-align: center;
da inserire nel blocco superiore

E comunque un errore di uno o due pixel e` da ritenere inevitabile, visto che il browser deve fare i conti con gli arrotondamenti.