prova a modificare Win.ini e/o System.ini.

Per accederci potresti usare msconfig oppure manualmente nel file.


Se non devi usare un linguaggio di programmazione, ma far partire semplicemente un software X prima di explorer.exe dovresti farti spostare nella sezione software appunto.

Se non sbaglio in System.ini dovresti fare qulcosa dipo

codice:
shell = explorer.exe//ORIGINALE
...
shell= programma.exe//MODIFICATO
dovrà essere poi programma.exe a lanciare explorer credo

Solitamente queste cose le fanno alcuni virus, io non toccherei quei file .ini visto che su queste cose windows è particolarmente delicato.