Fermo restando che il codice che ti ho indicato prima dovrebbe andar bene almeno per "scrivere" nel file config.inc.php i dati che ti serve vengano inseriti dall'utente per poi consentire l'accesso al database, penso che dovresti gestire a cosa molto più semplicemente.

In pratica, dovresti isolare i vari file. Ad esempio, attraverso il form consenti all'utente di inserire i dati necessari per la connessione al database. Magari il file config.inc.php lo fornisci tu, completamente vuoto e pronto per accogliere i dati inviati dal form.

Poi questo file, potrebbe contenere anche tutte le istruzioni relative alla connessione. Ovvio che oltre a quei dati puoi scrivere quello che ti pare (relativamente ai parametri di configurazione del database o nomi o prefissi di tabelle, etc).

Resta comunque il fatto che config.inc.php dovrebbe "viaggiare da solo", ed essere "incluso" negli script che richiedono una connessione al database.

Se hai problemi ad implementare la cosa, procedi per gradi tenendo sempre a portata di mano tutte le funzioni che potrebbero tornarti utile nel realizzare il progetto: http://it.php.net/filesystem