c'è un loop infinito nella funzione, quì è risolto
codice:
def cutENDL(string):
    newstring=""
    x=0
    while(x<(len(string)-2)):#-1 per l'index,-1 per il \n
        newstring=newstring+string[x]
        x=x+1
    return int(string)

cx = raw_input("\nSpecify input file: ")
f = open(cx)
number=f.readline()
while(number):
    y = cutENDL(number)
    res = y / 2
    if res == 10:
        print "eh..."
    elif res == 5:
        print "uh..."
    number = f.readline()