dipende da quello che vuoi...

potresti rendere lo sfondo del flash trasparente o usare i layer <div>
in html e mettere lo z-index dell'uno superiore a quello dell'altro ma la seconda soluzione non so se funzioni sarebbe da testare.

per rendere trasparente lo sfondo e solo lo sfondo del flash
dal codice di incorporamento del filmato nell'html aggiungi le parti segnate in rosso
codice:
<PARAM NAME=wmode VALUE=transparent>  <EMBED
src="filmato.swf" quality=high bgcolor=#FFFFFF wmode=transparent   ...