E allora cosa pretendi... stai cercando di fare due azioni contemporanee: inviare il form (alla pagina indicata in action ) e richiamare la pagina 'registra.cfm'

La soluzione di minore impatto prevede queste modifiche:

cambia il type al pulsante da "submit" a "button"

verifica che il form abbia action="registra.cfm"

modifica la funzione:
codice:
...
if (permesse.indexOf("#"+extFile+"#")==-1) 
{ 
  alert(extFile + " non e' un file permesso");
  return false; 
} else { 
  document.nomeForm.submit(); 
} 
...
ciao