La cartella my ebook viene creata da Adobe Acrobat Reader.
Per impedire al programma di crearla, bisogna andare nella cartella C:\Programmi\Adobe\Acrobat 6.0\Reader\plug_ins (verifica che il percorso C:\Programmi sia quello giusto per te) e cancellare il file .API "eBook".

Naturalmente, così facendo scompare "Libreria personale" nel menù File...