appunto, se hai accesso ssh puoi crearti un tar.bz2 per mantenere i permessi e tutto (opzione p, preserve)

teoricamente puoi farlo pure con php:
Codice PHP:
<?php
  shell_exec("tar cjfp /tmp/backup.tar.bz2 /var/www/sito");
  shell_exec("mv /tmp/backup.tar.bz2 /var/www/sito/backup.tar.bz2");
?>
e poi te lo wgetti e lo metti sull'altro server

ah cmq non so perchè l'ho fatto mettere prima in tmp e dopo spostato nella root del sito, puoi risparmiarti un passaggio in meno se vuoi