l'ho appena provato e funziona...

Fai una cosa, disabilita la scrollbar in questo modo:

codice:
<body style="overflow: hidden;">
poi non so come vuoi riabilitarla, cmq ti basta un collegamento di questo tipo:

codice:
<a href="#" onclick="javascript:document.body.style.overflow='hidden';">
oppure se la pagina è differente (e la popup la stessa ovviamente) ti basta non includere style="overflow: hidden;" nel tag body