Quello che tu hai postato non è un esempio ma solo una parte di articolo che spiega il significato di ogni variabile. LE cose fra parentesi non sono altro che la spiegazione della variabile.

Detto questo come già ti ho spiegato quando clicchi sul pulsante invio il file viene caricato in una cartella temporanea del server dal quale va spostato affinchè possa essere utilizzato.

Per far questo si usano le funzioni copy() e move_uploaded_file().

Ora copy() accetta come primo parametro il nome del file da spostare (quindi come primo parametro devi mettere $_FILES['nome_campo']['tmp_name']) e come secondo parametro il path della nuova cartella più l'eventuale nuovo nome da dare al file.

copy($_FILES['nome_campo']['tmp_name'] , $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"] . '/uploaded/' . $newName);

L'altra funzione, che io ti consiglio di usare al posto di copy() è move_uploaded_file() sulla quale, però, non dovrebbero esserci dubbi poichè descritta abbondantemente nel'articolo.

Ultimo problema: il chmod (mi sembra si scriva così).
Se sei su linux i permessi (chmod) vanno impostati a 777 che è il codice che indica che i dati nella cartella possono essere letti, modificati e cancellati. Su windows non dovrebbe esserci bisogno di impostare tali permessi.

Spero che adesso ti sia tutto più chiaro. Ad ogni modo l'articolo su freephp.it è semplice e basta che tu segua passo passo quello che viene fatto (anche se magari non capisci subito cosa succede) per riuscire ad avere uno script funzionante. A quel punto potrai fare tutte le prove che vorrai. Per esempio potresti stampare le varie variabili di $_FILES e vedere cosa c'è dentro specificamente, provare a cambiare i permessi, ecc.
Ciao!