non sono esperto ma, come primo workaround, hai provato a copiare quello che ti serve in una nuova directory provvisoria e a usare mkfs su quella?

qualcosa del tipo

prova/uno/1.txt
prova/uno/2.txt
prova/due/1.txt
prova/due/2.txt

mkisofs -o immagine.iso prova/

magari nel man trovi anche se è possibile fargli seguire dei link simbolici, così eviti di occupare spazio su disco in più