Modifichi il link in modo che ti passi sia comune che page:

devi ottenere questo: default.php?comune=milano&page=4

quindi farai

default.php?comune=' . $comune . '&page=' . $i;

dove $comune è la tua variabile che contiene il nome del comune su cui va fatta la query mentre $i è il numero della pagina (é la variabile usata dallo script di paginazione)