PHP per sua natura crea pagine dinamiche. Normalmene una pagina dinamica si individua dalla caratteristica querystring pagina.php?var1=val1&var2=val2&var3=val3

Ora google non appena trova un ? interrogativo nel path si ferma e smette di indicizzare il sito. Per ovviare al problema ci sono alcuni escamotage descritti in parte da questo articolo:
http://freephp.html.it/articoli/view_articolo.asp?id=61
Se lo avessi letto ti saresti evitato di fare crossposting.