mmm vediamo.. così forse:
Codice PHP:
$handle=opendir("./");
while (
$file=reddir($handle))
if (
$file != '.' and $file != '..'
 if (
substr($file,-4)=='.htm')
   if (!
rename($file,substr($file,-4).'.php'))
     exit (
"impossibile rinominare il file $file");
 else
 if (
substr($file,-5)=='.html')
   if (!
rename($file,substr($file,-5).'.php'))
     exit (
"impossibile rinominare il file $file");
//qui puoi aggiungere con un "else if" altre condizioni [tipi di file] 
non l'ho testato!

ciao!

..IcE..