significa esattamente quello che dice:

il passagigio di variabili per riferimento è deprecato. Puoi settare un'apposito parametro nel php.ini, ma non si sa quanto a lungo sarà supportata questa possibilità...

in definitiva:

$pntFile = new gestfile(PATH_FILE, $POST['nome']);

occuperà un po' di memoria in più.. tutto qui

che poi per un singolo elemento, chiamato "nome".. non credo i tratti di chissà quanto..