La sparo, aggiungi l' utente apache al gruppo root.
Applica lo SGID bit agli eseguibili che dovrai usare con apache.
Non credo sia necessario ricompilarlo.
Che distro usi ?
Solitamente con l' isntallazione di apache viene creato l' omonimo utente.
Assicurati che sia omonimo, altrimenti usa l' altro nome per fare quanto scritto copra.
Ricordati di fare i backup prima delle modifiche.